南京亚东启天药业始终将新技术的引进和产业化作为支撑企业发展的重要支柱，建立了完善的新品研发体系。公司在成立初期就建立了自己的药品研发团队，近年来公司持续投入大量资金，建设研发中心。研发中心由专职研发人员、高级研发顾问、高层次领军人才组成，具备自主从事创新化学药、药物新制剂的研发能力，现有各类在研药物近十项，研究方向主要为抗肿瘤治疗领域。

近期，公司与江苏福锌雨医药科技有限公司成功签约，双方将在儿童用药领域达成长期的战略合作关系，共同致力于儿童专用药品的研发生产。

公司将坚持以市场为导向，创新为主，仿创结合，致力于开发安全性高、有效性好，质量稳定的新药、好药。力争通过5-10年的建设发展，使研究中心的人才队伍和研发能力达到国内先进水平。

公司正在开展细胞治疗技术的临床研究，与国内知名研发机构形成全方位合作，加快科研成果转化，服务社会、服务百姓、服务健康产业。

公司与美国Emory大学、南京大学三方成立了创新型药物合作开发平台，共同研发抗乙肝药物。该项目的核心技术负责人Dennis Liotta，现为美国埃默里大学化学系教授。在过去40年里，他在新药研发及转化领域取得巨大突破。在美国，他被公认为杰出的新药研发权威，拥有75项药物专利，主要集中在抗病毒、抗癌和抗感染三个方面。